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シーズン3は1999年4月7日より放送が開始された。エピソードは総計で17話であり、春夏に前編を、秋冬に後編が配信したのち、2000年1月12日に終了した。
本シーズン中に、サウスパークシリーズ上初であり唯一の映画South Park: Bigger, Longer & Uncutが上映される。1999年1月30日の放映後、同年の11月23日にはホームビデオが発売された。
また"The Red Badge of Gayness"の放送前に、女性キャラクターの大半を担当していた声優メアリー・ケイ・バーグマンが故人となった。
エピソード
| 画像 | 原題 | 放送 | 番号 | 通算 | |
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"Rainforest Shmainforest" | 1999年4月7日 | 301 | 32 | |
| 邦題：恋するケニーの熱帯夜 主役たちはコーラス隊「子供たちと元気になろう隊」のコスタリカツアーに強制参加となる。 | |||||
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"Spontaneous Combustion" | 1999年4月14日 | 302 | 33 | |
| 邦題：ボッキーの復活祈願！ サウスパークの住人達が突然自然発火し死亡してしまう事件が多発する。町長は問題を解決するため、地質学者のランディに協力を求める。 | |||||
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"The Succubus" | 1999年4月21日 | 303 | 34 | |
| 邦題：サキュバスの甘い罠 シェフの結婚式に出席するため、ネッシーが住む緑豊かな国スコットランドからシェフの両親がやってきた。 | |||||
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"Jakovasaurs" | 1999年6月16日 | 305 | 35 | |
| 邦題：ジャコブとホープの繁殖大作戦 スターク池でキャンプをしていた少年達は、先史時代のクリーチャー「ジャコバサウルス」を発見する。 | |||||
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"Tweek vs. Craig" | 1999年6月23日 | 304 | 36 | |
| 邦題：ガキンコ・ファイト・クラブ 技術の時間とクラスの男子達は、トゥイークとクレイグを喧嘩させようと扇動する。一方その頃、技術教師のアドラー先生は死んだ恋人の幻影に悩まされていた。 | |||||
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"Sexual Harassment Panda" | 1999年7月7日 | 306 | 37 | |
| 邦題：セクハラパンダで一攫千金 子供たちはセクハラパンダからセクハラとはなんたるか教育を受ける。その後カートマンがスタンをセクハラで訴えたのをきっかけに、セクハラ訴訟が頻発する。 | |||||
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"Cat Orgy" | 1999年7月14日 | 307 | 38 | |
| 邦題：流星物語ワイルド・ワイルド・カートマン 大人たちがマッケイ先生の家に集まって流星群を見ている間、シェリーはカートマンのベビーシッターをすることになる。 | |||||
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"Two Guys Naked in a Hot Tub" | 1999年7月21日 | 308 | 39 | |
| 邦題：流星物語スタンズ・エンジェル スタンは、マッケイ先生の流星群パーティーに行く両親に付き合わされる。マッケイ先生宅の地下でピップ、バターズ、ダギーと遊ぶことになる。 | |||||
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"Jewbilee" | 1999年7月28日 | 309 | 40 | |
| 邦題：流星物語カイルとケニーのユダヤスカウト ケニー、アイクとともにカイルはユダヤスカウトに参加する。 | |||||
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"Korn's Groovy Pirate Ghost Mystery" | 1999年10月27日 | 312 | 41 | |
| 邦題：世にも奇妙な海賊お化け 音楽バンドKORNがハロウィンコンサートにやってくる。その時、少年たちは街に現れた海賊おばけの謎を解明しようとしていた。 | |||||
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"Chinpokomon" | 1999年11月3日 | 310 | 42 | |
| 邦題：チンポコモン 主役たちは日本から来た流行りのおもちゃ「チンポコモン」のとりこになる。 | |||||
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"Hooked on Monkey Fonics" | 1999年11月10日 | 313 | 43 | |
| 邦題：おサルのスペリング講座 学校のスペリング大会でカートマンを優勝させようと、母・リアンはサルのスペリングシステムで勉強させる。 | |||||
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"Starvin' Marvin in Space" | 1999年11月17日 | 311 | 44 | |
| 邦題：宇宙戦士！ 腹ぺこマーヴィン 腹ぺこマーヴィンが宇宙船に乗ってサウスパークに戻ってきた。彼は飢餓に苦しむ人々の新しい家を探しており、主役たちに協力を求める。 | |||||
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"The Red Badge of Gayness" | 1999年11月24日 | 314 | 45 | |
| 邦題：サウスパーク版南北戦争 毎年恒例の南北戦争再現劇が始まる。そこでカートマンは、史実で敗北した南軍を勝利させようと策を | |||||
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"Mr. Hankey's Christmas Classics" | 1999年12月1日 | 315 | 46 | |
| 邦題：Mr.ハンキーのクリスマスDEショー 司会にミスター・ハンキーを迎えて今回お届けするのは、サウスパーク式ホリデーソングスペシャルである。 | |||||
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"Are You There God? It's Me, Jesus" | 1999年12月29日 | 316 | 47 | |
| 邦題：Y2K思春期の悩み 時は20世紀末。奇跡を待ちわびる人々がイエス・キリストの家の周りに集まった。 | |||||
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"World Wide Recorder Concert" | 2000年1月12日 | 317 | 48 | |
| 邦題：ウンコ漏らし周波数 サウスパーク小学校の子供たちはアーカンソー州で開かれるリコーダーコンサートに参加する。 | |||||
| シーズン3 | |||||