El Profesor Caos es el alter-ego super-villano de Butters Stotch. Aparece por primera vez en el episodio auto-titulado "El Profesor Caos". Se convierte en Profesor Caos debido al hecho de que ocasionalmente es visto por los demás como inútil, tras ser rechazado como reemplazo de Kenny; convirtiéndolo en un solitario marginado que finalmente se vuelve al lado oscuro. El Profesor Caos luego conoce a Dougie, que lo convierte en su nuevo compañero, el General Desorden.